FreeMind起動時に前回使用時のマップを開かないようにするには

「ツール」メニューの「環境設定」を開いた後、「環境」画面の右側にある「前回のマップを自動的に開く」を無効にして、保存します。

それでも、起動時に前回のファイルが開いてしまう場合は、「直前のセッションをリストアしますか？」のチェックも外して「保存」します。